Ruby og Sapphire tar ulike ruter mot samme mål: å få oppfylt drømmene sine på 80 dager. Likevel har de en tendens til å møte på hverandre.
Ruby vil vinne alle Pokémon-konkurransene, og mot det målet jakter han på en spesiell Pokémon i Dewford Town. Der støter han på Sapphire som utfordrer den lokale gymlederen til kamp, og dermed er på god vei mot målet sitt.
Rivalene har begynt 80-dagers turnéen rundt Hoenn med godt mot, men to lumske organisasjoner har sine egne planer som kan skape både farer og utfordringer for våre helter!